Berdasarkan pada Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 5 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah dan Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 2 Tahun 2019 tentang Susunan Organisasi, Kedudukan, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Sekretariat Daerah, Bagian Organisasi mempunyai tugas pokok menyiapkan bahan untuk melaksanakan koordinasi, pembinaan dan penyusunan kebijakan di beberapa bidang yang menjadi kewenangannya yaitu bidang kelembagaan, reformasi birokrasi, pendayagunaan aparatur, ketatalaksanaan, hubungan kerja, standarisasi, akuntabilitas, pelayanan publik dan analisa jabatan. Dalam melaksanakan tugas pokok tersebut, maka Bagian Organisasi mempunyai fungsi sebagai berikut :

  1. Penyelenggaraan penyiapan bahan perumusan kebijakan teknis kegiatan di bidang yang menjadi kewenangannya
  2. Penyelenggaraan penyusunan program kerja dan kegiatan di bidang yang menjadi kewenangannya
  3. Penyelenggaraan pembinaan bidang yang menjadi kewenangannya
  4. Penyelenggaraan koordinasi, integrasi, sinkronisasi dan simplifikasi kegiatan di bidang yang menjadi kewenangannya
  5. Penyelenggaraan pelaksanaan dan pengevaluasian kebijakan bidang yang menjadi kewenangannya
  6. Pelaksanaan pengendalian, pemantauan dan pengevaluasian bidang yang menjadi kewenangannya
  7. Pelaksanaan tugas kedinasan lain yang diberikan Sekretaris Daerah sesuai dengan tugas dan fungsinya
  8. Pengelolaan kesekretariatan Bagian